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2020年疫情之初,迅速暴增的感染人數給病原體核酸檢測帶來巨大的挑戰,北京航空航天大學微納生物芯片專家、常凌乾及團隊,與四川大學華西醫院一起承擔了新冠病毒核酸檢測緊急專項,研發出能在25分鐘之內快速核酸檢測的便攜式設備。如今,雙方再次攜手,
2020年疫情之初,迅速暴增的感染人數給病原體核酸檢測帶來巨大的挑戰,北京航空航天大學微納生物芯片專家、常凌乾及團隊,與四川大學華西醫院一起承擔了新冠病毒核酸檢測緊急專項,研發出能在25分鐘之內快速核酸檢測的便攜式設備。
如今,雙方再次攜手,這次他們要幫助的對象,是我國中西部地區貧困山區,例如,四川大涼山貧困地區的結核病人。這些地方,結核桿菌引起的呼吸道疾病依然比較嚴重,且成為一種致命性流行病。結核病,是由結核分枝桿菌引起的傳染病,也是致死率最高的單傳染病原體之一。據世界衛生組織統計,2019年結核病導致1000多萬新感染病例,140萬人死亡。因此,快速準確診斷疑似結核病攜帶者的方法,仍然是抑制其傳播的關鍵。要想判斷是否患有這種疾病,就得進行結核桿菌檢測,這時就需要大型核酸檢測設備。但這種儀器價格昂貴,對實驗室和專業人員的要求都比較高,一般都局限在三甲醫院檢驗科,很難應用在偏遠地區。
這些因素都阻礙了結核病在偏遠地區的快速篩查診斷。因此,迫切需要設計低成本、易于操作且準確的平臺來彌合這一差距。
經過一年多的研發和驗證,常凌乾及團隊制造出一種低成本、便攜式的微流控裝置,并給其命名為Fd-MC(finger-driven disposable micro-platform )。這種既不需要電,也不需要額外設備,此外還得價格便宜、測試快速,總之一切都要以簡單為主。
這種裝置同時具備低成本、便攜、手指驅動等特點,并搭載重組酶聚合酶核酸等溫擴增技術,集核酸提取、擴 增、檢測于一體,可對痰液樣本中的結核桿菌實現便攜現場快速檢測。只需動動手指,就能在一個完全分離的微通道中,完成完整的結核病診斷過程。
日前,相關論文已由合作雙方發在Biosensors &Bioelectrnics(IF: 10.6)上,論文題為 《基于等溫擴增的手指驅動一次性微平臺在結核病多點診斷中的應用》(A finger-driven disposable micro-platform based on isothermal amplification for the application of multiplexed and point-of-care diagnosis of tuberculosis) 。第一作者是北航博士生王之瑩,共同通訊作者分別是北航常凌乾教授、以及華西醫院檢驗科主任應斌武教授。
圖 | 相關論文(來源:受訪者)
可擺脫對電力、外部泵的依賴
Fd-MC大約有手掌那么大,長度55mm、寬度66mm、厚度5mm,上面有一個直徑1.6mm的樣品注入孔,還有兩個用于存儲相應緩沖液的圓柱形腔,以及用于DNA提取的微通道。
芯片基底采用聚甲基丙烯酸甲酯(PMMA)進行激光刻蝕,并在緩沖液儲存室的上表面覆蓋彈性膜。當按壓彈性膜時,可直接驅動液體在微流道中流動,從而可擺脫對電力、外部泵的依賴。
此外,在芯片上設計了“W”形通道的DNA提取區,并在內部填充二氧化硅顆粒,基于二氧化硅對病原體的核酸進行固相萃取。當樣品進入到微通道與硅粒子混合時,在高濃度的鹽離子作用下,樣品中帶負電荷的DNA分子通過陽離子鹽橋與硅粒子結合,從而被吸附于二氧化硅珠上。
研究中,常凌乾團隊采用基于FAM探針的原位熒光策略,通過手持式紫外燈,可用肉眼讀取芯片的結果。因此在避免感染或環境污染的風險方面,Fd-MC具有獨特的優勢。
在檢測區,常凌乾團隊設計了5個平行的“y形”反應區“y形”反應區由“y形”通道和圓柱形腔室組成,每個“y形”腔室由一個小的通道連接。一旦液體進入檢測區域,將首先填滿“y形”通道,直到裝置被輕微搖晃才會流入到裝載有RPA反應物的圓柱形腔室。這種設計可以建立一個物理分區,允許每個室形成一個獨立的環境,避免液體流動造成的交叉污染。
該團隊在多重檢測中,針對人型結核分枝桿菌(MTB)、 結 核 分 枝 桿 菌 復 合 群(MTBC)、分枝桿菌(MB),分別設計 RPA 特異性引物。該芯片不僅能識別結核/非結核感染,還能區分人結核分枝桿菌/牛結核分枝桿菌。
在操作時,把經過前處理的痰液或者咽拭子加到進樣口,依次用手指按壓兩個彈性膜。然后,將芯片置于 37-42℃的溫度,20 分鐘之內即可實現核酸等溫擴增。測試完之后,將芯片置于設計的小型讀取設備中,并用手機App進行拍照,通過熒光顯色,表明受測者是否患有結核,甚至還能檢測結核的亞型。
總的來說,Fd-MC能夠實現芯片上的“樣本輸入和結果輸出”,集成了包括從結核病病原體中提取DNA、基于RPA(重組酶聚合酶擴增)的熒光可視化的多個操作步驟。
37個樣本,全部檢查正確
Fd-MC通過37個臨床樣本進行了驗證,包括奇美拉分枝桿菌、鳥分枝桿菌、胞內分枝桿菌、戈登分枝桿菌和膿腫分枝桿菌,以及由中國四川大學華西醫院提供的20份臨床陽性痰樣本,和健康志愿者們捐贈的10份健康痰樣本。所有臨床樣本均經華西醫院經倫理批準確認。
驗證結果表明,與商業實時熒光RPA相比,在對37個臨床樣本的檢測中,Fd-MC獲得了100%的特異性(指正確檢測陰性樣本的能力),敏感度(指正確檢測陽性樣本的能力)為95.2%。
與其他需要外部驅動泵或離心的微流控裝置不同,Fd-MC通過手指按壓驅動液體流動的方式,對樣本進行DNA固相提取和RPA擴增,操作簡單快捷,消除了對技術人員的需要。
Fd-MC的一個顯著賣點是其較低的成本。以GeneXpert為例,這種大型儀器的成本為17500美元,年度維護費為1800美元,大大限制了在偏遠地區的應用。相比之下,Fd-MC所需材料包括微流控芯片、RPA緩沖液、酶和引物在內的所有元素,總成本小于8美元。而且,Fd-MC的檢測速度快,包括DNA提取和RPA擴增的總時間控制在30min內(qPCR通常是2小時),這有利于結核病的快速篩查。
在未來,常凌乾團隊也考慮將Fd-MC和數字RPA的結合可以準確地定量DNA濃度。通過將RPA試劑分配到帶有微孔陣列的芯片中,經過RPA反應后,檢測發出熒光的孔(陽性孔)。對于低濃度的DNA模板,陽性孔的數量低于高濃度的DNA模板。因此,可以通過計數陽性孔的數量進行定量分析,從而識別低濃度的病原體。
總的來說,該團隊設計了一款手指驅動式的微流控芯片,該通用的POC平臺有望在資源有限的環境中,進行快速、現場、大規模的傳染性病原體篩查。
該技術已啟動轉化落地
2020年初,疫情的突然造訪,導致大量樣本等待篩查。為此四川省啟動了緊急重點專項,并由四川大學生物治療國家重點實驗室教授耿佳,和華西醫院實驗醫學科主任應斌武一起牽頭,聯合北航常凌乾團隊,開始了新冠病毒核酸檢測的緊急事業,并隨著合作研究的深入,逐漸延伸到其他種類的病原體檢測。
雙方此前也在技術轉化方面進行了長期合作。論文和專利公開以后,該技術已開始尋求技術轉化。
金悅東